bwa-rust内存安全的 BWA-MEM 风格单端比对器

Rust 2021 实现，从 FASTA/FASTQ 到 FM-index、SMEM、链、Smith-Waterman 和 SAM。

单文件 FM-index

后缀数组、BWT、Occ 采样和 contig 元信息统一保存为 .fm，比 BWA 多文件索引更易移动和归档。

SMEM 种子、DP 链构建、带状 Smith-Waterman 延伸和 SAM 输出分别对应清晰模块，适合学习和二次开发。

unsafe_code = forbid 由 Cargo lint 强制，面向需要内存安全边界的 Rust 生物信息学实验。

已交付单端 FASTQ 到 SAM；配对端和 BAM/CRAM 仍为计划项，不在标准用法中伪装成可用能力。

用户	价值
Rust 生物信息学开发者	直接复用 FM-index、SMEM、链构建、SW 和 SAM 组件。
算法学习者	用 Rust 阅读 BWA-MEM 风格核心流程，而不是从大型 C 代码库开始。
单端 reads 实验	需要可配置、可测试、易归档的单端比对基线。
安全敏感原型	需要禁止 `unsafe` 的 DNA 比对实验环境。

能力	状态	说明
FASTA 参考输入	已交付	支持多 contig。
FASTQ 单端 reads	已交付	当前稳定数据路径。
`.fm` 索引	已交付	单文件 bincode 格式，magic/version 校验。
SMEM + chaining + SW	已交付	BWA-MEM 风格，不追求 bit-level 兼容。
SAM 输出	已交付	CIGAR、MAPQ、AS/XS/NM、MD:Z、SA:Z。
Rayon 并行	已交付	read 级并行。
配对端	计划中	保留设计与局部基础设施，CLI 未开放。
BAM/CRAM	计划中	当前只输出 SAM。