架构概览

bwa-rust 保持一个小而清晰的单端比对流水线：

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FASTA reference
      |
      v
FM-index (.fm)
      |
FASTQ read -> SMEM seeds -> chains -> Smith-Waterman -> ranked candidates -> SAM

模块边界

模块	责任
`src/io/fasta.rs`	读取参考序列并归一化。
`src/io/fastq.rs`	读取 reads，校验 seq/qual。
`src/index/`	构建 SA、BWT、FM-index 并序列化 `.fm`。
`src/align/seed.rs`	通过 FM-index 查找 SMEM/MEM 种子。
`src/align/chain.rs`	链构建、弱链过滤、候选数量控制。
`src/align/extend.rs` + `sw.rs`	链端延伸、链内 gap 补齐、CIGAR/NM/score。
`src/align/pipeline.rs`	正反向候选、排序、MAPQ、SAM 行生成。
`src/io/sam.rs`	SAM header/record/MD:Z/SA:Z 格式化。

设计取舍

索引格式不兼容 BWA，而是选择单文件 .fm。
SA 构建使用清晰的倍增法实现，不追求最优 O(n) 构建速度。
MAPQ 和启发式是 BWA-MEM 风格，不保证与 BWA 完全一致。
当前只承诺单端 reads；配对端相关基础设施不代表已交付 CLI 能力。

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