使用指南

本指南只覆盖已交付的单端流程：FASTA 参考序列、FASTQ reads、.fm 索引和 SAM 输出。

标准路径

bwa-rust index reference.fa -o ref
bwa-rust align -i ref.fm reads.fq -o output.sam

也可以用 mem 在内存中构建索引并立即比对：

bwa-rust mem reference.fa reads.fq -t 4 -o output.sam

参数真值

CLI 默认值与 src/align/mod.rs 的 AlignOpt::default() 保持一致。常用参数：

参数	默认值	CLI
match score	2	--match / -A
mismatch penalty	1	--mismatch / -B
gap open	2	--gap-open / -O
gap extend	1	--gap-ext / -E
band width	16	--band-width / -w
score threshold	20	--score-threshold / -T
min seed length	19	--min-seed-len / -k
z-drop	100	--z-drop / -d

下一步

• 安装
• 快速开始
• 比对流水线