常见问题

bwa-rust 能直接读取 BWA 索引吗？

不能。bwa-rust 使用自己的单文件 .fm 索引格式，需要用 bwa-rust index 构建。

输出和 BWA 完全一致吗？

不保证。bwa-rust 采用 BWA-MEM 风格的种子、链和延伸思想，但索引格式、MAPQ、启发式和部分 tie-break 都是项目自己的实现。

支持配对端吗？

当前稳定 CLI 只支持单端 FASTQ。仓库中有配对端 reader 和 insert-size 基础设施，但不能把它视为已交付能力。

支持 BAM 或 CRAM 吗？

不支持。当前输出格式是 SAM。

为什么保留完整参考文本在索引中？

比对延伸阶段需要参考序列片段。当前版本选择保存编码文本，换取实现清晰和读取简单；未来可以评估压缩或按需加载。

默认参数在哪里看？

src/align/mod.rs 的 AlignOpt::default() 是唯一真值。align 和 mem 的普通默认值应与它保持一致。

为什么文档站只有中文？

当前 Pages 是中文公共门户，英文入口保留在 README.md 和 docs.rs。未维护的英文站点不会被伪装成已存在。